Ziemia zmieniła się. Minęło dwadzieścia lat od chwili, gdy światowi przywódcy zakończyli wojnę z obcymi, podpisując akt bezwarunkowej kapitulacji. XCOM, ostatnia linia obrony naszej planety, został zd więcej→ziesiątkowany i rozbity. Teraz Ziemią władają najeźdźcy. Budują lśniące miasta, w których proponują ludzkości świetlaną przyszłość, ale pod tym płaszczykiem kryją się ich straszliwe plany, a każdy, kto sprzeciwia się nowemu porządkowi, zostaje bezlitośnie wyeliminowany.